La fattura rappresenta nei rapporti civili grande rilevanza in funzione della valenza probatoria che la stessa può assumere tra le parti, in particolare nel caso di inadempimento dell'obbligazione (pagamento) da parte del destinatario della stessa.

L'efficacia probatoria è attribuita dalla legge alle scritture contabili (libro giornale, libro inventari, altre scritture contabili richieste dalla natura e dalle dimensioni dell'impresa, libri sociali) delle imprese secondo quanto disposto dall'art. 2709, Codice civile. In particolare, il Codice civile stabilisce che "i libri e le altre scritture contabili delle imprese soggette a registrazione fanno prova contro l'imprenditore; tuttavia chi vuol trarne vantaggio non può scinderne il contenuto".

Nella prassi operativa spesso ci si interroga se il documento fattura rientri nella fattispecie prevista dall'art. 2709, c.c. e cioè se sia da considerarsi una scrittura contabile. Una preziosa indicazione a tal riguardo viene offerta dalla sentenza della Corte di Cassazione 28 aprile 2004, n. 8126, la quale specifica che "la fattura commerciale, non può, attese le sue caratteristiche genetiche (formazione ad opera della stessa parte che si intende avvalersene) assurgere a prova del contratto, ma, al più rappresentare un mero indizio della stipulazione di quest'ultimo e dell'esecuzione della prestazione indicata, mentre nessun valore, nemmeno indiziario, le si può riconoscere tanto in ordine alla corrispondenza della prestazione indicata con quella pattuita, quanto in relazione agli altri elementi costitutivi del contratto". E' possibile tuttavia distinguere:

1) la fattura non contestata: acquista efficacia probatoria del credito se riportata nei libri contabili e nelle altre scritture contabili del destinatario;

2) la fattura contestata: assume rilevanza in quanto elemento indiziario liberamente valutabile dal giudice.